《环太平洋：黑色禁区第二季》的故事继续讲述与怪兽的战斗，但随着时代和技术的发展，人类开始研究和创造更加巨大强力的机甲来对抗怪兽。然而，在组装她们的过程中，在某一遗迹发现了一个前所未有、引起动态能量异常波动、被称为“地核”的物体，它带来了新危机。在新峰镇内进行它解开秘密并采取行动以保卫世界不受其影响。
